高中生侦探工藤新一被黑衣组织灌下毒药变小，化名柯南，一边追查组织，一边解决无数棘手案件。
万人迷的古见同学，其实患有交流障碍症，目标是交到100个朋友。
在复杂的架空世界中，各国在武藏的舞台上，围绕着历史再现与人类存续展开宏大战争。